La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
Le Tribunal fédéral a examiné si la cession de la parcelle n°** par les CFF à A.________ SA pouvait être exonérée des droits de mutation en vertu de l'art. 103 LFus, qui exclut la perception de tels droits en cas de restructuration au sens des art. 8 al. 3 et 24 al. 3 et 3quater LHID. Le Tribunal a constaté que l'opération du 22 mai 2014 constituait une scission horizontale (démembrement) au sens de l'art. 24 al. 3 let. d LHID, car les CFF détenaient 36% du capital de A.________ SA et que les actifs transférés (parcelle supportant le barrage, servitudes, adductions d'eau) faisaient partie des biens immobilisés de l'exploitation. Le Tribunal a ainsi conclu que la cession était une restructuration exonérée des droits de mutation, annulant l'arrêt cantonal qui avait refusé l'exonération.
Le Tribunal fédéral a examiné l'application de l'art. 103 LFus en relation avec l'art. 8 al. 3 LHID, concernant l'exonération des droits de mutation lors d'une restructuration. Il a constaté que pour bénéficier de cette exonération, deux conditions principales doivent être remplies : la présence d'une restructuration et le transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'une exploitation. Dans le cas présent, le transfert des immeubles le 2 septembre 2015 ne constituait pas un transfert d'exploitation, car les immeubles en question ne produisaient aucun rendement et ne présentaient pas un degré suffisant d'autonomie pour être considérés comme une exploitation. Par conséquent, le Tribunal fédéral a rejeté le recours, estimant qu'il n'y avait pas violation de l'art. 103 LFus.
Le Tribunal fédéral a examiné l'application de l'art. 103 LFus en relation avec l'art. 8 al. 3 LHID, qui prévoit l'exonération des droits de mutation en cas de restructuration. Les recourants soutenaient que la vente d'immeubles du 2 septembre 2015 devait bénéficier de cette exonération, car elle prolongeait une restructuration antérieure approuvée en 2013. Le tribunal a rejeté cet argument, constatant que les immeubles vendus en 2015 n'étaient pas inclus dans la restructuration de 2013 et que leur transfert ne constituait pas un transfert d'exploitation au sens de l'art. 8 al. 3 let. b LHID. Le tribunal a souligné que la notion d'exploitation requiert un degré élevé d'autonomie et une organisation capable de subsister par elle-même, critères non remplis en l'espèce en raison du faible nombre d'immeubles transférés et de leur rendement limité. Ainsi, le tribunal a conclu à l'absence de violation de l'art. 103 LFus et a rejeté le recours.
Le Tribunal fédéral a examiné si le transfert des immeubles composant le 'Domaine C.________' de B.________ à Domaine X.________ SA pouvait bénéficier de l'exonération des droits de mutation en application de l'art. 103 LFus en relation avec l'art. 8 al. 3 let. b LHID. Le tribunal a constaté que B.________, exploitant le domaine en tant qu'indépendant, n'était pas inscrit au registre du commerce, ce qui est une condition préalable pour qu'un transfert de patrimoine soit considéré comme une restructuration au sens de l'art. 69 al. 1 LFus. Par conséquent, le transfert ne pouvait pas être assimilé à une restructuration et l'exonération des droits de mutation n'était pas applicable. Le tribunal a donc confirmé la décision du Tribunal cantonal de soumettre la vente aux droits de mutation.
Le Tribunal fédéral a examiné la demande de remboursement de l'impôt complémentaire sur les immeubles payé par les sociétés absorbées avant leur fusion, conformément à l'art. 103 LFus. Le tribunal a confirmé l'interprétation du Tribunal cantonal selon laquelle l'art. 103 LFus interdit la perception de droits de mutation en cas de restructuration, mais ne s'applique pas à l'impôt complémentaire sur les immeubles, qui est un impôt annuel distinct. Le tribunal a jugé que le remboursement de l'impôt complémentaire n'était possible que si l'aliénation de l'immeuble entraînait le paiement d'un droit de mutation, ce qui n'était pas le cas lors des fusions en raison de l'exonération prévue par l'art. 103 LFus. Ainsi, le tribunal a rejeté le recours, estimant que l'interprétation des autorités cantonales n'était pas arbitraire et ne violait pas l'art. 103 LFus.
Le Tribunal fédéral a examiné si le transfert d'immeubles entre la Fondation X.________ et sa filiale, la Société immobilière B.________ SA, pouvait bénéficier d'une exonération des droits de mutation conformément à l'art. 103 LFus. Le Tribunal cantonal avait rejeté cette exonération, estimant que le transfert ne remplissait pas les conditions légales, notamment parce que la Fondation, bénéficiaire du transfert, était exonérée d'impôt et que la condition du maintien de l'assujettissement en Suisse n'était pas réalisée. Le Tribunal fédéral a toutefois considéré que l'art. 103 LFus, en renvoyant à la notion de restructuration au sens de l'art. 24 al. 3 et 3quater LHID, ne devait pas être interprété comme imposant les mêmes conditions que pour les impôts directs, notamment celle du maintien de l'assujettissement à l'impôt en Suisse. Le Tribunal a également estimé que le transfert de patrimoine en l'espèce ne constituait ni une fusion, ni une transformation, ni une scission au sens de l'art. 24 al. 3 LHID, mais qu'il pouvait néanmoins être assimilé à une restructuration au sens de l'art. 24 al. 3quater LHID, malgré la restriction textuelle aux sociétés de capitaux et coopératives, car cette limitation heurtait le principe d'égalité de traitement et ne correspondait pas à la volonté du législateur. Par conséquent, le Tribunal a admis le recours et annulé l'arrêt du Tribunal cantonal, déclarant la Fondation exonérée du droit de mutation.
L'art. 103 LFus est une norme fédérale d'application directe qui ne nécessite aucune concrétisation par le droit cantonal et à laquelle le droit cantonal ne peut pas déroger. Le renvoi à l'art. 24 al. 3 et 3 quater LHID doit être interprété de telle manière que seul le concept de 'restructuration' doit être utilisé en matière de droit de mutation, à l'exclusion des autres conditions établies par la LHID pour permettre l'exonération des impôts directs. La notion de restructuration au sens de l'art. 24 al. 3 LHID recouvre la fusion, la scission et la transformation mais pas le transfert de patrimoine. La restriction du texte de l'art. 24 al. 3 quater LHID à certaines formes de société contrevient à un objectif fondamental de la LFus, à savoir l'augmentation de la flexibilité des entreprises dans le choix de leur forme juridique. Un transfert de patrimoine qui intervient entre deux sociétés d'un même groupe est également exempté de droits de mutation lorsque la société reprenante est une fondation de prévoyance.
